インボイス制度に関して大きな影響が予想されるため国は、小規模事業者、取引先のそれぞれに対し経過措置をとっている。まずインボイスに登録した小規模事業者が消費税を納め始めるケースでは、納付額を3年間軽減する措置を取っている。またインボイス登録していない事業者との取引で控除を受けられず負担が増えるケースでは、計6年間納付額から一定の割合で控除が受けられる。影響は事業者だけにとどまらない。東京都内を走る個人タクシーが加盟する協同組合では今日から、インボイス登録しているタクシーは黄色、インボイス登録していないタクシーは白と行灯の色を分けるよう加盟者に依頼している。タクシーを会社の業務で利用して経費処理をしようという場合に支払った消費税分の控除を受けられるかどうか見分けられるようにするための措置だという。またJR東日本などの鉄道会社では駅の窓口や券売機でインボイス対応の領収書を発行できる端末を導入している。専門家はインボイス制度の導入にともない価格に色々と影響が出ることは明らかで、事業者だけでなく消費者も改めて認識しておく必要があるなどと話した。