医療の現場では自分に合わない腸活が健康トラブルにつながる危険性も指摘されている。最近の研究により、腸には一部の乳製品や発酵食品などに弱いタイプがあり、腸にいいといわれる食品が合わない人もいることが分かってきた。発酵性の糖質を多く含む食品の例：小麦、豆類、一部の乳製品、一部の果物、きのこ類など。これらの食品は食べると腸内で急激に発酵が進みお腹の張りの原因になる。