FBI捜査官・赤井秀一は黒ずくめの組織にスパイとして潜入。黒ずくめの組織の罠にはめられ命を落とす。同じ2008年に謎の大学院生・沖矢昴が登場。毛利探偵事務所や阿笠博士の家を監視・盗聴。大学院生なのにタバコを片手にバーボンのロックを飲んでいた。2014年の映画「名探偵コナン 異次元の狙撃手」のラスト5秒で赤井が沖矢として生きている衝撃の事実が発覚した。原作にも描かれず、この映画で一番最初に明かされた。ちゃんみなは映画館で驚いて叫んでしまったという。ラスト5秒の映像が流れ、ちゃんみながその時の様子を再現した。