金色堂の3つの壇の中にはそれぞれ棺があり、昭和25年の学術調査で、奥州藤原氏の遺体がミイラ状態で納められていることが確認された。当時の葬り方（高貴な人）は、火葬した遺骨または遺体を床下に埋葬するのが一般的。堂内に納めるの事例は極めて珍しい。初代の清衡の強い意志が働いたのか。棺にも謎が。専門家の見立ては「お釈迦様がお亡くなりになったときに金の棺に納められたに倣った」「自分の往生を願って曳覆曼荼羅を遺体にかけた」「極楽浄土を実現するため遺体をミイラ状態にした」など。