織田信長と石山本願寺は石山合戦を繰り広げた。石山本願寺は信長包囲網を形成。その勢力は織田信長軍を遥かにしのいでいた。この状況を覆そうとしたのが、信長と手を組む宣教師だった。フランシスコ・カブラルは織田信長をキリスト教に改宗させようとした。織田信長自身は改宗しなかったが、一族や家臣がキリシタンになることは認めた。
織田信長が何を考えていたのかを知る手がかりとなる記録がイエズス会ローマ文書館に残されていた。織田信長は宣教師たちが日本を征服する計画だと察知しながらも軍事物資を得るために手を組み続けたと考えられている。キリスト教の布教に大きな貢献をした人々を祀る聖イグナシオ洞窟教会には日本のキリシタン大名・高山右近が描かれている。右近は石山本願寺に近い大阪・摂津の領主だった。石山合戦が激しさを増した1578年に宣教師は右近に接触し信長を支援するよう要請していた。右近が信長軍に合流したことで石山本願寺軍を打ち破った。
宣教師は戦国時代の日本が予想を超える軍事的発展を遂げたと驚きを持って記している。最新の研究では当時の日本で空前の軍事革命が起きていたことがわかってきた。ヨーロッパから伝わった鉄砲は国産化されたが、国産と海外産の銃身を放射線で分析すると、国産の方が不純物が少ないことがわかった。国産の方が強度が安定して威力が増したのだ。日本刀の製造で磨かれた鍛造と呼ばれる技法が生かされたのだった。信長の直轄地だった大阪・堺からは鉄砲の製造について記された2万点の古文書が発見された。鉄砲職人のリストには、銃身職人、銃床職人、火蓋職人などの記述があり、パーツごとに分業制で大量生産が行われ、世界一の銃大国になったと考えられる。宣教師たちは強大な軍事大国となった戦国時代の日本を詳細に分析して世界戦略に組み込もうとしていた。