大都市以外でも発生する内水氾濫の原因の1つに中小河川や用水路の機能不全があげられる。2022年8月、記録的な大雨に見舞われた青森。線状降水帯が発生するなど雨は数日にわたり、県内各地で被害が出た。鰺ヶ沢駅では目の前の道路が完全に浸水しているのが確認できる。地区を流れる中村川が大雨により水位が急激に上昇した影響で用水路の流れが悪くなっていた。この機能不全により内水氾濫が起きたとされる。その結果、町内では445棟が浸水し、県内最大の被害となった。
内水氾濫の2つ目の原因は低地での排水ポンプの機能不全とされる。2020年7月に福岡県大牟田市で内水氾濫が発生した。通常、低い土地には雨水の排水設備が常設されているという。記録的な大雨が降ったことで、ポンプ場が水に浸かり機能が停止。川より低い土地の排水ができなくなったことから被害が拡大したという。内水氾濫は都市部だけでなく、用水路やポンプ場の機能が停止すれば各地で発生する可能性が高いという。