南越前町の木ノ芽峠には本願寺の指示のもとで整備された鉢伏城があった。だが、門徒たちは逃亡してしまったという。佐藤健一教授は本願寺が門徒たちに送った書状を年代別に分類すると、後半になるほど、仏教に関するワードは少なくなり、「鉄砲」が頻出するという。また、地元の門徒に高圧的な要求をしていたという。戦争の長期化、暮らしの疲弊で、信仰を最優先にするのは難しくなっていった。織田軍は労せずして鉢伏城を攻め落とし、信長は降伏した門徒たちを断罪。福井では1万人以上が殺害された。武生公会堂記念館に所蔵されている瓦には虐殺の様子が刻まれている。1580年、顕如は信長と和睦を結び、大坂本願寺から退去した。