首都直下地震よりさらに想定被害が大きく、6800万人が被災と想定される巨大地震が「南海トラフ巨大地震」。その発生確率は、40年以内に90％。地震発生時、想定震源域が広いため、静岡県や高知県など10県で最大震度7を想定されている。ただし全域が動くかはわからず、最悪を想定して南海トラフ巨大地震という言い方をするようになった。最悪の場合、死者数は32万人以上。その被害の大部分が巨大津波によるもの。東日本大震災の時は津波の高さが最大16.7mだったが、南海トラフの場合は最大34.4mの津波が特に高知県の当たりに襲来すると想定されている。津波の高さの他に、到達スピードも心配されていて最短で2分と想定されている。津波がすぐに到達する理由は、東日本大震災の震源域は沖合で到達に15分とかかったが、南海トラフの場合は沿岸部分で起きるとされるためだという。南海トラフでは3分以上揺れ続ける場所もあると考えられ、揺れてる最中に津波が襲来する可能性があるという。津波被害を防ぐために、津波避難シェルターが出来ていたり、多くの地域では津波避難タワーが作られている。