コスタリカが生物多様性が豊かな理由の一つは約300万年前に起こった地殻変動。これまで分断されていた北米大陸と南米大陸がつながり陸続きとなったことで、「アメリカ大陸間大交差」と呼ばれる生き物の大移動が発生し多様な生態系が築かれることになった。さらに、コスタリカは国土の中央に北から南へ連なる山脈があり、この山脈にカリブ海から湿気を含んだ貿易風が西に向けて吹き抜ける。山脈を超えると乾いた風になって太平洋側に向かうため、地域によって湿度・気温・降水量の年間平均も変化する。そのため、1年中雨の降る熱帯雨林や霧が多くかかる山地雲霧林、雨が6か月以上降らない時期がある熱帯乾燥林など様々な環境が存在する。