ジャガイモの生産者が警戒しているのは病害虫。21種類の病害虫リスク管理措置の協議対象にしているが、中でも警戒されているのはジャガイモシストセンチュウ、ジャガイモシロシストセンチュウ。ジャガイモの芽に寄生し、生育不良を引き起こし、大幅に収穫量が減少してしまう恐れ。最大8割減少してしまう恐れがあり、人体への影響はないが、乾燥や寒さに強い殻で最長30年卵が生き延びることも。北海道・網走市ではシロシストセンチュウが確認されたことがあり、未だに使えない畑もある。北海道では28年までに病害虫に強い品種に全て置き換える予定。