日本に年間13種ほどが新しく侵入しているという外来植物。外国から日本に来る人や物に種子がついて入り込むことが考えられる。日本に来る観光客が年々増加していて、今年は過去最多ペースで、外来植物が日本に入る可能性が高まっている。山梨・富士河口湖町では既に外来植物が大繁殖。特定外来生物アレチウリはアメリカなどから日本に入り既にほぼ全国に分布しているという。NPO法人富士山クラブ・佐伯弘美さんは「繁殖力が非常に高く他の植物の上を覆って成長するため他の植物が光合成するための日光を遮り、アレチウリの下になった植物が枯れてしまう」と話した。アレチウリが富士山周辺における生態系のバランスを崩すおそれがあるという。
外来植物は富士山の山中にも及んでいる。外来植物のセイヨウタンポポやシロツメクサなどが富士山五合目付近の駐車場や登山道で確認されているという。山梨県富士山科学研究所・安田泰輔主幹研究員は「2020年の調査で静岡側山梨側で計41種（外来植物）確認されている」と語った。外来植物は富士山五合目の駐車場で多く確認されていて、登山道を進むにつれて減っていることなどから、種子が車のタイヤ、リュック、服などに付いて運ばれる可能性が考えられるという。あす山開きを迎える富士山。今年、山梨県は五合目の登山ゲート前に靴についた外来植物の種子を除去するマットを設置した。