ヴァーサ博物館には世界一美しい沈没船と言われるヴァーサ号が展示されている。当時世界最大級を誇っていた。ヴァーサ号は数奇な運命を辿った船だった。1628年8月、国の期待を背負い処女航海を迎えたヴァーサ号だが1300m進んだところで強風に煽られ沈んで沈没した。当時バルト海の覇権争いを巡り周辺諸国に打ち勝つため協力な元鑑の建造を急いでいた。ヴァーサ号は大砲を並べるガンデッキを2層にしたが重心が高くなり不安定になったという。引き揚げられたのは1961年4月23日。バラバラになった4万点以上のパーツを一つ一つ調べ元の形に組み上げられた。現在展示されているヴァーサ号の98％は建造当時の部材。
ヴァーサ号の船内は一般公開されていないが特別に乗船が許された。風を受けて進む船のため常に後ろから風が吹いている。匂いや汚れが船内に流れてこないよう風下になる場所にトイレがある。甲板の下はたくさんの大砲が並んでいたスペース。船尾付近には舵輪が発明される前に船の舵を操作していたホイップスタッフがある。ホイップスタッフは漫画「ワンピース」にも描かれている。ホイップスタッフを左右に倒すことで重さ2.5トンもの舵を一人で動かすことができる。