アフリカ諸国のホームタウンに認定されたのは、新潟・三条市（ガーナ）、山形・長井市（タンザニア）、千葉・木更津市（ナイジェリア）、愛媛・今治市（モザンビーク）。抗議が殺到する中、三条市は「外国人の移住や移民を促進するものではない」と否定した上で「今後地域おこし協力隊がガーナで活動したり、ガーナ政府が農業刺殺に来たり交流を深めていく」と説明した。木更津市についてナイジェリア政府は「日本政府は木更津に移住して生活と就労を希望するナイジェリアの若者向けに特別なビザを作る」と発表。これに対し、林芳正官房長官は「ナイジェリア政府に対し事実関係を説明の上訂正の申し入れを行っている。移民の受け入れ促進や相手国への特別な査証の発給は想定されていない」と述べた。その後ナイジェリア政府は掲載していた発表を削除した。林官房長官は、アフリカからの受け入れは研修事業などを通じたインターン生が想定されており、研修終了後は出身国への帰国が前提となっていると強調した。