南北朝時代、悪党と呼ばれる武装集団が各地に出没した。彼らが忍者のルーツとされる。伊賀忍者、甲賀忍者が有名で、対立関係にあったと思われるが、共闘したり、婚姻関係を結んだりしていたという。