一方、「マイナ保険証の義務化は違法」だとして裁判も起きていた。原告の訴えは棄却されたが、そもそもなぜ反対したのか。原告側・事務局員の「いつき会ハートクリニック」の佐藤一樹院長は「（導入の）費用は全部で36万円くらい。政府の補助が31万円ちょっとだったので少し足が出た」と話し、マイナ保険証を読み込むカードリーダーは無償で提供されたが、ソフトウェアの導入などには自費でおよそ5万円、回線費用などにも毎月1万4500円ほどかかるという。また、これまで電子化を進めてこなかった過疎地域のクリニックなどは「経済的負担に耐えられなくなるケースもある」と主張している。厚生労働省は課題の解決に取り組み、メリットの周知も訴えていくという。