1949年7月5日午前、日本国有鉄道の下山定則総裁が行方不明となり、翌日に轢死体で見つかった。現場付近にある旅館の女将は「午後2時から5時半まで上品な男が休憩していた」と証言し、身なりなどの特徴は下山総裁の服装と一致。複数の通行人は似た人物が現場付近を徘徊する姿を目撃し、捜査一課は国鉄の人員整理に悩んでいたことから、総裁が自死したと推理した。一方、捜査二課、検察は遺体の状況に違和感を唱え、東京大学法医学教室は「死後に轢かれたもの」と鑑定した。
51年、吉田茂首相は日本の占領政策終了に向け、ダレス対日講話問題特使と会談。このなかで、首相は下山事件の犯人について言及し、政府として韓国人と断定していたという。男の名前は李中煥。学生時代の友人の影響で共産主義を信奉し、モスクワ共産大学政治学科に進学。卒業後、ソビエト共産党政治局で暗号化係に配属された。49年4月中旬、李中煥に下山総裁と接触するようソビエトから指令が舞い込んだ。6月30日、ソ連の中日幹部が下山総裁に接触し、同日夜には総裁の暗殺が指示されたという。事件当日、総裁はソ連大使館にある建物へ運ばれ、薬物によって殺害。党員の1人が総裁の衣類を着用し、現場付近を徘徊したという。だが、李とともに諜報活動に関わったことがあるという渡辺修二曰く、李がソ連大使館に勤務した実態はなく、虚偽の情報提供で金銭を得ていたという。その後、アメリカの意向で李の捜査は打ち切られた。
李中煥に関する捜査資料によると、李はGHQ傘下で諜報活動を担当していたビクター・マツイとつながりがあった。マツイがアメリカの議会図書館のインタビューに応じる映像が残され、国鉄内部の共産主義者の情報を得るために二重スパイを使っていたという。49年、ソ連は原爆の開発に成功し、共産主義勢力の拡大に躍起だった。一方、アメリカは日本を反共の砦にすべく、暗躍していた。49年、鉄道が絡んだ怪事件が相次ぐ。マツイの上官にあたるジャック・キャノンが統率する機関が一連の事件に絡んでいるという疑惑が報じられ、NHKは77年、キャノン本人にインタビューを敢行した。キャノンは事件への関与を否定していた。
アメリカの国立公文書館にはキャノン自らが記した報告書が残され、諜報活動を実行する東京神奈川CICで李中煥と接触していた。キャノンの側近だったアロンゾ・シャタック氏が取材に応じ、共産党員の情報を収集していた他、「二重スパイはソビエトのために活動をするように見せながら、実際はアメリカのために活動していた」と証言した。インタビューの5カ月後、シャタック氏は死去。下山事件をめぐり、東京地検の布施健検事は捜査を進めていたが、アメリカ側に筒抜けだったという。50年4月13日、李中煥はアメリカによって韓国へ強制送還された。
シベリア抑留を経験し、49年に帰国した鎗水徹は読売新聞の記者として下山事件について独自に調べていた。鎗水は戦後最大のフィクサーと呼ばれた児玉誉士夫と深いつながりを持ち、児玉は「国鉄の人員整理にからんで、下山総裁の殺害計画があった」と語っていた。人員整理はGHQの指示で、アーサー・フジナミは下山総裁の身辺を調べていたという。検察、ジャーナリストはフジナミの足取りを追ったが、難航を極めた。番組ではフジナミの遺族を発見したところ、フジナミは20年に101歳で死去。GHQ傘下のCICは共産主義が日本に蔓延することを憂慮し、下山総裁が共産主義側につきやしないかと疑っていたという。フジナミが娘のナオミさんに語ったことによると、総裁は暗殺されたという。また、ジャーナリストだった鎗水徹は子供らに下山事件について、「米軍による殺人」と語っていたという。
鎗水は下山事件について調査を進めるも、凶器をちらつかせて脅迫を受けていたといい、執筆よりも家族を守ることを選択。2017年、96歳で死去。下山総裁の死後、人員整理は大きな抵抗なく完了し、朝鮮戦争で国鉄は軍事物資、兵士の輸送などに協力した。51年、吉田茂首相はダレス対日講話問題特使との会談で、下山事件は韓国人によるものと断定したとされる。下山総裁という1人の人物の死の真相は日本の手綱を握ろうとする巨大な力を前に闇の中へ消えていった。