幕府は旧教国を警戒してキリスト教を禁じた。木村教授は、幕府はポルトガルやスペインは日本まで軍艦を派遣する力はないと思っていた、むしろ日本にいるキリスト教の信者が結集することを恐れたと解説した。家康が20代の頃、三河の一向宗が家康の政治に反発する三河一向一揆が起きた。家康はこの一件で多くの家臣を失った。1637年には島原・天草地域で一揆が発生。3万人余が蜂起し城に立てこもり、幕府は約15万の大軍勢を差し向けた。木村教授は、ポルトガルは民衆の暴動と捉えていたがキリシタンたちは助けてくれると考えメッセンジャーを送った、これを捕まえた幕府はポルトガルが日本にいる限りこういったことが発生すると考えたと解説した。反乱を平定した幕府は全国のキリシタンの弾圧を強め、1639年にポルトガル船の来航を禁止した。