ペットボトルは放置することで食中毒や破裂などの危険性もある。「一度口をつけた飲料を飲み切るまでの期間」を東京都生活文化スポーツ局が調査したところ、その日のうちに飲む65.2％、2～3日以内28.7％、1週間以内5.4％という結果だった。食品微生物センター・山口憲太代表は「封を切って口をつけて飲んだ場合、口の中の菌がペットボトルの中に入る。暖かいところでは菌が増えて場合によっては体調を崩す。」と述べた。宇都宮市衛生環境試験所による夏の室温30℃を想定した、飲み残した飲料（緑茶・麦茶・ミルクコーヒー・スポーツ飲料・果汁100％オレンジジュース）を放置し、時間ごとの細菌の数を計測した結果が紹介された。最も細菌が増えたのはミルクコーヒー、次に増えたのが麦茶。他の3つは細菌が減少。山口代表は「口の中の菌の種類により増え方も変化。一般的には一度口をつけたらできるだけ早めに飲み切る。」と伝えられた。また、コップに移して飲んだり、口をつけたら冷蔵庫やクーラーボックスに保存することも大切という。猛暑の時、車内にペットボトルを放置することで破裂のおそれがあるという。JAFによると、気温35度の日にエアコンをつけず、窓を閉めた車内の温度は最高52℃に上昇。ダッシュボードの上は74℃にもなった。東京都が、未開封のお茶・水・炭酸飲料などペットボトル11種を夏場の車内想定60℃で放置したところ、5本が変形や亀裂がみられ、炭酸飲料は中身があふれだした。東京都によると車内に置き忘れた果実飲料が破裂し、車の天井が破損したり、容器が爆発してキャップが飛んでケガをした事例もあったという。ペットボトルは、飲みかけのものは早めに飲み切る、車に置きっぱなしにしないことが大切。