1995年に日米両政府が合意した那覇軍港の浦添市沖への移設をめぐり、防衛省は大型商業施設の向かいの海域に約49haのT字型の代替施設を建設する計画で、埋め立て事業の環境影響評価の項目や調査手法などを記した「方法書」を公表した。「方法書」について「日本環境会議」理事会は声明をまとめ、「環境影響評価法の規定によれば米軍の港湾施設の建設・供用に伴って生じる影響も調査・予測・評価し、必要な環境保全措置を講じなければならない」と訴えている。そのうえで、施設の使用開始後の影響も「方法書」の評価項目に加えるよう求める声明を送付。一橋大学・寺西俊一名誉教授は「環境影響評価法の規定に明らかに反しており、違法なことを容認するわけにはいかない」などとコメントしている。