応仁の乱で都では飢饉や疫病がまん延していた。こうした中、一休のもとへ、焼け落ちた大徳寺の住職になり再興せよとの命令が天皇から申し渡された。当時の京都は焼け野原で木材の調達にも苦労した。応仁の乱では寺の要である仏殿と法堂が消失していた。再建を急ぐ一休は、この2つの建物を1つにしたお堂を建て直そうとした。資金は寄付で集めようと呼びかけたところ、すぐに反応したのが堺の商人。一休の人間性に共鳴し寄付に賛同した。1479年、大徳寺法堂が再建された。
一休が人生の終着点に選んだのは大覚寺ではなく酬恩庵一休寺だった。一休は78歳のときにこの寺に入り、森女という女性と一緒に亡くなるまで住んだ。悟りを求めながら煩悩と共に生き続けた。