忍者たちの住まい、館城では周囲を土塁で囲み、堀も巡らせていた。伊賀にはこうした館城の痕跡が650以上もあるという。おなじみの忍者屋敷は館城を再現したもので、襲撃に備え、武器をあちこちに隠したり、敵を欺くなどしていた。また、伊賀を守るため、敵対していた集落同士が手を取り合い、ルールを制定した。