松野官房長官が会談を行った石垣市長らからはミサイルの爆風などから身を守るシェルターを求める発言が相次いでいる。シェルターについては2004年に施行された国民保護法で“ミサイル攻撃などに備える避難施設を指定する”と規定されており、その1つが緊急一時避難施設というもので、この施設は爆風などの被害を軽減し一時的な避難先として有効な建物などをさしており全国5万2490カ所ある。その中で被害軽減効果がより高いとされる地下施設は全国1591カ所となる。台湾有事の際に影響が大きいと考えられている沖縄県については、緊急一時避難施設が935カ所・地下施設は6カ所。うち台湾に近い先島諸島に限ると地下施設は1カ所のみという状況。こうした状況に地元自治体から改善の要望が出ている。世界の核シェルター普及率はスイス・イスラエルが100％、ノルウェー98％、アメリカ82％といずれも高いが日本は0．02％と日本はシェルター設置がすすんでいない。読売新聞によると宮古島市は防衛省に、建設予定の体育館の地下をシェルターとして活用するための財政支援を要求し、約4500人が3日間過ごすことを想定しており、政府も2024年度の予算に関連費用を盛り込む方向だという。しかし国民全員が入れるシェルターを作るとなると1人あたり500万円で計600兆円かかるため、政府関係者は現実性がないため先島諸島で逃げ遅れた人など優先順位を決めるとしている。吉永さんは「シェルターが少ないのは、これまで日本が敵を作らず来たということの成果で恥ずかしいことではない。シェルターを作るまえに宮古島列島の人たちが避難できるのかということ。ここすら守り抜けないのではないかと思う」などとコメントした。