葛籠尾崎湖底遺跡は水深が最大80mの深い場所にある湖底遺跡。縄文時代～鎌倉時代までの土器が割れずに残っている。大正時代に漁師の網に土器が引っかかったことで発見された。琵琶湖には他にも縄文時代の貝塚や太古の村の遺跡など100以上の湖底遺跡がある。