高尾山には約1,600種類の植物が自生している。牧野富太郎が発見した品種などがある。高尾山野草園では植物をじっくり観察することができる。高尾山は暖温帯と冷温帯の2つの気候帯が入り混じる。絶滅危惧種も野草園で見ることができる。