天然醸造仕込みの木桶味噌は生産量全体の1％にも満たないとされている。大分・九重町にある「麻生醤油醸造場」は九州産の材料にこだわり、木桶仕込みの醤油と味噌を造り続けている。木桶で3年仕込んだ「九重高原みそ」はコクのある濃厚な甘みが特徴だという。