2013年、楽天で日本一を経験した藤田。当時から古巣ベイスターズには熱い想いが。昨季からは10年ぶりに復帰。会見ではベイスターズ愛を語り、「横浜で日本一」を掲げた。すでに代打での出場機会が増える中、自分の成績よりもチームへの貢献を第一に考え、若手の指導に当たるなどした。22年はシーズン2位でクライマックスシリーズ進出。1勝1敗で迎えたファーストステージ第3戦では、3－2の9回裏で藤田がバッターボックスへ。結果、ダブルプレーで試合終了。この悔しさが今も残っているそう。今季、DeNAは好調で5年ぶりに単独首位まで。その一方、藤田は2軍調整が続いた。結果、9月22日に引退会見。今季はCSに進出したDeNA。第2戦には藤田も出場したが、広島に敗れて敗退。27日には引退セレモニー。今は2軍育成野手コーチに。