トモエ学園の授業は独特だった。通常の学科の他に小林がピアノを弾くリトミックが毎日行われた。教師には小林の理念に共感した者たちが集まっていた。トモエ学園に教師の助手として入った高田薫。高田はこれまで見たことのない教師と子どもの関係に驚いた。教師たちは授業に好奇心を引き出す工夫をちりばめた。算数では駅前の自動販売機で10個入りのキャラメルを買った。いくつか食べた時残りの数を尋ねると子どもたちは夢中で数えた。山内泰二はこの授業を今も鮮明に覚えている。副校長の丸山邦秀は歴史の授業で散歩に連れ出した。「泉岳寺にお参りに行こう」。丸山は寺に眠る赤穂浪士の秘話をセリフを交えて伝えた。教室の中だけではなく生活の全てを学びの材料にした。しかし太平洋戦争が始まると教育現場への圧力は更に強まった。「国に尽くす国民を育てる」。トモヱ学園の教育には批判の目が向けられるようになった。やむなく転校していく子どももいた。学校の経営は苦しくなった。小林の息子、巴は父親に方針の転換を迫ったが小林は「教育は0年先を見て行うものだ」と突っぱねた。小林が特に気にかけていたのは事情のある子どもたちの先行きだった。
山内泰二は他の学校で発育不良と言われ入学を断られた。ある日「君にしかできないことを見つけることが大事」と小林は言われた。山内は勉強が得意だった。教室に実験器具が置かれていた。電気工学技師の父のように実験をしてみたいと思い、以来実験に没頭するのが山内の日常になった。黒柳はここでも毎日のように騒動を引き起こしていた。しかし頭に刻まれたのは「君は本当はいい子なんだよ」という小林の言葉だった。ある日くみ取り便所に大事な財布を落とした。何とか財布を取り戻したい一心でひしゃくを突っ込んでくみ上げ、しまいには肥だめの中のものを全てぶちまけてしまった。そこに偶然通りがかった小林は「終わったらみんな戻しとけよ」ひと言も怒られなかった。世の中の全てが戦争一色に駆り立てられていった。その中で小林が続けた授業がリトミックだった。しかし本土空襲が始まり、子どもの集団疎開が決定。トモエ学園も授業を続けられなくなった。