浄化槽に入った生活排水にはアンモニアが含まれている。アンモニアは生態系に有毒で、悪臭が人体に影響を与える。浄化槽の部屋に生息する微生物がアンモニアを食べることでより毒性の低い硝酸に分解される。硝酸を別の微生物が窒素ガスに変えて空気中に放出する。浄化槽の中にある微生物の住処となる「ろ材」は表面積のバランスが重要。
浄化槽は土の中に埋めるため頑丈さが必要。使う材料はガラス繊維。最後にシーディング剤と呼ばれる微生物を固めたものを入れる。浄化槽にいる微生物には大量の酸素が必要。そのため、酸素を送るブロワと呼ばれる装置を使っている。フジクリーン工業は浄化槽メーカーで唯一、ブロワを自社開発・製造している。家庭で使われている浄化槽は年に数回メンテナンスをする必要がる。
創業者は家業で建材小売業を営んでいた渡辺鉦一。1961年に富士コンクリート工業を創業、当時はセメントや生コンクリートを販売していた。高度経済成長期は大気汚染などの公害が広がった。水洗トイレが普及する中で下水処理は遅れを取って、河川などの水質汚濁が問題となった。1969年、トイレの排水を浄化する単独浄化槽の生産に乗り出した。1974年にはフジクリーン工業に社名を変更。