今治市の芸予諸島には瀬戸内海を支配した村上海賊の居城が多く残っている。能島城は800mの島全体を城として築いたもので、周囲の激しい潮流により近づくことすら難しい。この城には船を係留する設備のほか、鍛冶場や物見櫓も設けられていたという。この島は瀬戸内海を東西に結ぶ最短航路上に位置していたため、村上海賊はこの島を関所として利用し通行料を徴収していたという。甘崎城もまた海上の関所として築かれた城で、島を囲う断崖と高さ6mの石垣により強固な防備を固めていた。これは藤堂高虎が海賊の関所であった甘崎城を本格的な軍事要塞とするために改良を施した結果だという。
