病院全体の67.2％が赤字となっているが、病院では機器の故障や雨漏りなど、想像を超える事態が起きている。滋賀県の長浜市立湖北病院では、水漏れなどが起きているが、経営が厳しく修繕が追いついていない。限界を訴える声は、国立大学病院からもあがっており、岡山大学病院の累積赤字額は25億円となっており、耐用年数を超える機器もある。背景にあるのは物価や人件費の高騰。一方、臓器移植など高度医療は収益に繋がりにくいという。大学病院で作る団体は、診療報酬の引き上げを求めている。