協生農法を科学的に検証したソニーコンピュータサイエンス研究所・舩橋真俊さんは自然界の基本は”密生・混生”にあり協生農法はこれを人工的に取り入れる、土壌生物の多様化が進むことで農作物が栄養を取り込みやすくなり育つなどと語る。また協生農法は土を耕さないため、土壌にたまったCO2放出を抑制できるとしている。