廊下橋から太鼓門くぐるとこの城最大の秘密が。付櫓、多門櫓とともに国宝に指定されている天守は三階建て。一階の御殿建築の上に2階建ての望楼がのっている。母利美和は彦根城は大阪城をゆくゆくは攻めるためだけ重要な拠点であり急いで作る必要があったという。色々な周辺の御城の部材を使って突貫工事で作ったという。天守は関ヶ原で焼け落ちなかった大津城のものを使用し、石垣の一部は近くにあった佐和山城から再利用。よくみると石垣が斜めに。整地する手間を減らし天然の地形に沿って建てられた。