検察と警視庁の捜査の違法性を認めて賠償を命じた今回の裁判で、裁判所が違法な捜査だと認定したのは、警察の逮捕についての「当然必要な捜査をせず」、警察の取り調べでの「偽計を用いた」、検察の起訴についての「安易な起訴は許されない」という3点。警察の逮捕については、“「噴霧乾燥期」が輸出規制の対象ではない”という会社幹部からの説明を確認せず逮捕した点を厳しく指摘している。合理的な根拠がかけているのにもかかわらず、警視庁公安部が漫然と逮捕したことを違法とした。警察の取り調べについては逮捕された3人のうち1人の島田順司さんへの警視庁公安部の取り調べにおいて、「偽計」「偽もう」を用いて島田さんの意思決定を阻害したのは明らかだとした。検察の起訴についても裁判所は、起訴が心身や名誉・財産などに多大な不利益を与えうることを考慮すると安易な起訴は許されない、と厳しく指摘した。