気象庁による新たな防災気象情報は5月29日に運用が開始。これまで自治体が出していた避難指示などの警戒レベルに合わせる形で警報や注意報を5段階にレベル分け。さらに河川氾濫・大雨・土砂災害・高潮の4カテゴリーに整理しレベル4の危険警報は各自治体が避難指示を出す目安になる。東京都心では3日、台風6号の影響でわずか半日で6月の観測史上最大を記録。気象庁は品川区にレベル4の危険警報を次々と発表し、品川区も避難指示を発令した。戸越銀座商店街では去年9月の浸水被害を教訓に早めに対策がとられた。東京大学総合防災情報研究センター・関谷教授は避難指示の乱発にも注意が必要と指摘する。台風6号による浸水被害などがあった三重・伊勢市は避難指示を出す前日に高齢者の避難を促していた。
横浜市では台風6号による小中学校の休校判断を巡り混乱が起きた。横浜市は新たな防災気象情報を受け午前6時時点でレベル4以上の大雨の警報が発表中であれば休校と定めていた。しかし今回は午前6時時点でレベル3までしか出ておらずレベル4が発表されたのは通学時間帯に重なる午前8時台。子どもたちが登校した後に休校が決まるような事態もあったという。横浜市は各学校の判断による休校も認めていて、前日時点で34校が休校を決定。さらに当日、通学時間の前に休校を決めた学校もあった。結果的に横浜では投稿時間帯を含む3時間で6月の観測史上最大の雨を記録。それでも休校の判断は大きく分かれ、判断の難しさも浮き彫りとなった。