乗客たちは強い衝撃とともに一瞬にして燃え上がるエンジンを目撃。衝突でブレーキ系統が故障し操作がきかなくなった。衝撃からおよそ50秒、516便は1.7kmほど滑走路を滑り止まった。しばらくして化学薬品が焼けたような異臭が立ち込み始めた。経過報告書によるとJAL機は機首部が海保機尾翼に正面衝突。衝突の衝撃で電気室が損傷、メインタイヤ格納庫が炎上したと考えられる。管制官から連絡を受けて消火救難を担当する職員がC滑走路に向かった。コックピットでは機体停止後すぐに緊急脱出の手順がとられていたが電気系統が失われ客室の情報が届かず炎が上がっているとは考えていなかった。機長と連絡が取れないCAは脱出ドアが開けられるか確認するも火の手が回っていて開けられない。ドアを乗客が開けないように持ち場は離れられない上にインターホンは使えず大声でやり取りするしかなかった。
