坂本城は光秀の一族の秀満が火を放って落城するが、秀吉が修築してすぐに復活する。1583年に秀吉は大坂城を築城した。坂本城は修築後4年間は存在したが、その後は大坂への交通の便が良い大津城が建てられた。坂本城は解体され、資材は大津城で使われた。江戸時代に坂本城の存在は消え、湖の底に消えた。