番組に欠かせないのがミステリーハンター。ときにはヨハネ・パウロ2世の取材を行ったことも。これまで総勢約350人ものミステリーハンターが冒険を繰り広げた。オーディションを開催すれば毎回1万人以上の応募者が殺到した。2011年放送のエチオピア特集では坂本三佳が有毒ガスが立ち込めるエチオピアの火山地帯を取材した。2022年放送のアルプス特集では中山卓也が崖にかけられたハシゴから絶景をリポートした。歴代のミステリーハンターが選んだ体を張ったベストワンは「ジャングルで未知との遭遇」。2005年に宮地眞理子がアマゾンで先住民の暮らしを取材した回で、宮地はフナクイムシを生きたまま食した。これをきっかけに体当たりリポーターの代表格となった。そんなミステリーハンターの大事な仕事がクエスチョンの出題。これまで出題したクエスチョンの数は5400問以上。1997年放送の火星人特集では、水沢螢が火星で発見された人の顔に見えるクレーターになりきった。ミステリーハンターの中でもレジェンド級の活躍を見せた竹内海南江は100以上の国と地域を訪れ出演回数313回。竹内が初めて取材したのはパリだった。