織田信長は足利義昭を奉じて上洛すると、畿内の制圧を目指した。大坂に拠点を構える本願寺から約5億円をむしり取り、傘下の街や村に弾圧を行った。石山合戦では門徒と呼ばれる信者たちが本願寺に集まり、信長軍と戦った。顕如は僧侶でありながら、戦場で陣頭指揮をとった。兜の内側には「南無阿弥陀仏」と記された紙が張られていた。本願寺は系列の寺院を介し、数千にのぼる道場と繋がっていて、顕如の指示は各地の門徒へ伝えられた。本願寺の歴史を調べる藤原慶人氏は顕如が寺院に送った檄文に着目する。戦争に関する文言はないという。滋賀大学の佐藤健一教授によると、合戦時に本願寺が門徒、寺に出した書状には仏教に関するワードが多かったという。門徒たちは本願寺がなくなれば、死後に極楽へ行けないと捉え、本願寺に馳せ参じた。死を恐れないような奮戦は織田軍を恐れさせ、信長の弟である信興は城を包囲されて自害、兄の信宏は戦死した。