新型コロナワクチンは2023年のノーベル生理学・医学賞を受賞した。評価されたのはメッセンジャーRNA（遺伝情報）を用いたことであり、これによりコロナの抗体が体内で作られる画期的な技術だと称された。一方で疑問視する専門家たちもおり、名古屋大学の名誉教授である小島医師は血液中の抗体に注目し、メッセンジャーRNAは自分を攻撃してしまう自己抗体を作るアジュバント効果が強いのではと説明した。名古屋大学などの共同研究では、ワクチン後遺症・新型コロナ後遺症・健常者の計75人の血液を採取し抗体を検査し、その結果、健常者20人中1人、コロナ後遺症23人中3人、ワクチン後遺症32人中10人から自己抗体が見つかった。小島医師は急性散在性脳脊髄炎やギラン・バレー症候群が自己抗体により引き起こされたと考えている。研究に参加していた井澤の体内からも自己抗体が見つかっていた。高知大学名誉教授の佐野医師は手足に赤い斑点が現れた女性患者について汗腺にスパイクタンパクが広がっていると診断した。国は当初、スパイクタンパクやメッセンジャーRNAは1週間程度で分解されると説明していたが数年後も消えていなかった。
札幌禎心会病院・東京慈恵会医科大・京都大の論文では、ワクチン接種後に脳卒中を起こした患者の4割以上で患部からスパイクタンパクを検出し、17か月たっても脳動脈内に存在したケースもあるとし、ワクチンの長期的な安全への懸念も指摘した。専門家たちによりワクチン問題研究会も発足され、新型コロナワクチンの副作用に関する研究論文は世界各国から3000本以上出されており、それらを基に診断基準や治療法確立を目指している。ワクチン問題研究会はビタミンDの欠乏が多発していることを突き止め、ビタミンDの欠乏がある後遺症患者に補充療法を開始した。2023年12月、国は引き続きワクチン接種体制に影響を与えるほどの重大懸念は認められていないと評価しているとした。