土佐兄弟の2人は「琵琶湖に刺さる無数の謎物体」を調査するため琵琶湖にやってきた。聞き込みをしていると、遺跡という情報を手に入れた。長浜城と関係しているということで、土佐兄弟は長浜城を訪れた。城と関係しているのか潜って調査することになった。沖合100mのポイントに到着し有輝が潜った。砂地が続いていたが突如、石に変わった。そして湖底に刺さっている謎物体を発見した。調査の結果半径3m以内に6つあり、木でできている事がわかった。撮った写真を妹尾裕介博士に見てもらった。建物の柱の跡。尾裕介博士は琵琶湖を眺めるお堂の柱と話した。もともとは地上にあったが地震の影響で沈んだと言われている。
琵琶湖は400万年前に誕生した。世界に20しかないと言われている古代湖の1つ。湖は川流れる土砂によって埋まってしまうが、琵琶湖が西側の断層が動き、土砂が下がり長い間湖を保っている。「かつて琵琶湖周辺にいたナンじゃこりゃな哺乳類は？」という問題。