昨年のアニメのストーリーを都市伝説ならぬニンジャラ伝説として紹介。1つ目は街に溢れる脅威。街にモンスターが次々と出現し生徒たちがガムウェポンで討伐。シャドーニンジャの新たなマスター正体不明のマスターレディが出現。マスターレディの正体は新任教師のフローラ先生説がある。2つ目は思い出したくない記憶。マスターレディは次々とモンスターを送り込む。マスターレディの目的がかつて倒したルークと同じ。3つ目は最凶の復活。最凶の敵が手を組む最悪な事態。ガムッチはガムニュウドウの体の中に閉じ込められてしまった。