三好長慶が没する前、弟、嫡男である義興が立て続けに命を落としていた。松永久秀が容疑者と考えられてきたが、松永の権力は長慶からの手厚い信頼、義興の後見人という立場に頼るほかなく、両者を殺害することはデメリットしかないという。また、長慶が亡くなった翌年、足利義輝が殺害される。当時の公家の日記を紐解くと、実行犯は長慶の息子である義継、松永久通の息子である久通だった。そして、史料を分析すると、東大寺焼き討ちは長慶の故意ではなかったと考えられる。大仏殿の再建を任された僧侶には手紙を宛てていて、才腕を発揮することに期待を寄せていた。