京都・高台寺は1606年、ねねが秀吉を弔うために建立。生前にねねが建てた霊屋は秀吉とねねが祀られている。ねねは生前、秀吉の隣で眠ることを望み亡くなった後、地下約2mに埋葬された。ねねが霊屋をつくったのは二人の場所を永遠に守りたいという思いがあったと思われる。
秀吉の坐像の前扉はねねが愛用していた御所車の扉を移設した可能性がある。天井の木材は秀吉の船の木材を再利用したという説もある。ねねが正室でいられた理由は家臣団の結束に大きく関係している。秀吉は家臣団をつくるため少年を集めてねねに育てさせた。ねねが正室でいられた理由は、秀吉との強い絆と優秀な家臣を育てたから。