野党5党は政府・与党が強権的な国会運営を行っているとして、猛省を促すよう森議長に申し入れた。衆議院本会議は全野党が欠席した状態で開会となり、法案を共同提出した国民民主党と参政党の姿もなかった。また、自民党では採決前に岩屋前外務大臣が本会議場を辞去した。ただ、衆議院は与党が4分の3を占めていて、国旗損壊罪の法案は賛成多数で衆院を通過した。重徳和彦国対委員長は「与党側が総理の出席を拒む。政府・与党による審議拒否が続いている」と問題を指摘。29日には「定数削減」法案を職権で審議入りさせたことで、対立は決定的になったという。30日の政治改革特別委、副首都法案を審議する委員会には全ての野党が欠席。皇室典範の改正法案はその性質上、静謐な環境で議論するというのが与野党の一致した見解。だが、立憲民政党の田名部幹事長は「衆議院の方では野党の会派が全て欠席のままで、一方的に国会提出を通告した。これのどこが静謐な環境なのか」と指弾した。
