公営企業委員会が所管する交通局・水道局・下水道局は都民の生活に欠かすことの出来ない重要なインフラを担っている公営企業。それぞれの課題としては、まず交通局は利用者の安全を守るために都営地下鉄において全駅でホームドアの設置を強く推進してきた。都電荒川線については経営の安定化がさらに必要となっている。日暮里・舎人ライナーは慢性化する混雑を解消するために取り組んでいかなければならない。水道下水道においては耐用年数が迫っている管路の更新を急いでいかなければならない。