北海道新幹線の札幌延伸に伴い、国や道などは、JRから経営が分離される区間のうち、函館~長万部区間の鉄道貨物を存続させる方向で調整を進めているという。この区間をめぐっては、同じ線路を使用している鉄道貨物にも影響が出ることから、国・道・JR貨物・JR北海道が今後の路線のあり方について協議を行なっている。これまでの協議の中で、廃止されると道産の農作物などの物流に大きな影響を及ぼすことから、鉄道貨物は存続させる方向で調整を進めている。ただし、線路を維持するには多額の費用と人員が必要となることから、道は年内にも有識者会議を設置し、議論を進めていくという。一方、この区間の旅客輸送は、道と沿線自治体の間で引き続き協議するとしている。