午後10時すぎ、日本航空は墜落場所を公式発表。場所は長野県南佐久郡北相木村 御座山北斜面。それは後に誤報だったとわかる。北相木村役場には対策本部が設置され、長野県警は御座山に約200人を派遣し捜索。日本テレビ記者の粕谷賢之も北相木村に到着した。夜11時30分には陸上自衛隊約1000人が到着し捜索するが機体は発見できない。上空から炎は見られるが地上からは見つからない。GPSがない時代、ヘリや飛行機の位置特定には基地局にあるTACANという無線から電波を飛ばして割り出していたが、その位置情報には誤差があり、険しい山に阻まれて地上から炎は確認できず、ほぼ新月の真っ暗闇で上空からもどの山なのかわからなかった。
翌朝5時ごろ、日の出とともにようやく正確な位置が上空から伝えられた。そこは群馬県の地元の人でもほぼ立ち入らない山だった。朝6時すぎ、自衛隊を先頭に道なき山を登り、歩き続けること4時間。現場に到着すると、山が削り取られた衝撃の光景が広がっていた。生存者は4人だった。生存者を発見した宮澤年彦さんは消防団で沢から登り、墜落現場の尾根ではなく沢で発見したという。123便は手前の稜線にエンジンをぶつけたことで逆さになり、機体全部は尾根に直撃したが後部は山肌を滑り落ちていて、機体後方の衝撃は前方よりかなり少なかったと推測された。沢で生存者を発見したもののヘリが降りられず簡易タンカで尾根まで担いで登った。
なぜ123便は尾翼と油圧を失ったのか。事故原因の正式発表がなかなかされない中、様々な憶測が飛び交った。そして、事故から2年後に事故調査報告書がようやく発表された。原因と推定されたのは後部圧力隔壁に空中で穴が開いたこと。機内の圧縮された空気が一気に吹き出たことで垂直尾翼を破壊したと考えられた。さらに、油圧ポンプ4系統すべてを吹き飛ばしたと思われた。圧力隔壁が壊れたきっかけは事故の7年前、1978年に遡る。伊丹空港で後の123便は着陸時にしりもち事故を起こした。この事故で後部圧力隔壁の下半分が壊れ、米・ボーイング社の約40人が修理を担当。しかし、指示書通りの修理が行われておらず強度不足になっていた。遺族たちは事故から8ヶ月後に日本航空・ボーイング社・運輸省幹部らを業務上過失致死傷で刑事告訴。その後書類送検されたが、県岐阜で不起訴となった。日本航空とボーイング社はともに遺族に賠償金を支払った。
2024年1月、アメリカで撮影された飛行中の機内映像にはドアがない様子が映されている。乗客7人と客室乗務員1人が軽症を負ったが全員無事だった。原因はまだ発表されていないが、自己調査の暫定報告書によると、事故機にはドアを機体に固定するボルト4本が取り付けられていなかった証拠が見つかったという。このボーイング737MAXは2018年にインドネシア、2019年にエチオピアで連続墜落事故を起こしていた。事故原因はともに制御システムが誤作動を起こしたことと考えられた。ボーイング社は制御システムを改修し2022年に運航再開されていた。ボーイング社は安全対策を強化するため約730億円を投資すると発表した。
御巣鷹の尾根と名付けられた墜落場所は山梨・甲府市と群馬・前橋市を結んだ直線の真ん中あたりにある山深い場所で群馬・上野村にある。御巣鷹の尾根は人里から車で約50分の場所にある。車を降りて沢沿いを10分歩くと4人の生存者が発見されたスゲノ沢に出る。そして30分登ると慰霊碑が立てられた墜落現場。そこからは今でもU字にえぐられた山が見える。
JAL123便の乗客乗員524人の家族たちの数は3000人を超えたといわれている。谷口正勝さんの妻・真知子さんは事故2日前、つくば万博の展示ブースで働くために単身赴任していた。真知子さんに正勝さんの上司が亡くなったという電話が入り、真知子さんは大阪で子どもたちとキャンプ中の正勝さんに連絡をとることに。