9月12日、天皇皇后両陛下、愛子さまは長崎を訪問され、原爆落下中心地碑に花を手向けられた。長崎原爆資料館では爆風、熱線が広がる様子を示した模型をご覧になり、101歳となった中村キクヨさんをはじめ被爆者らと面会された。ノーベル平和賞に輝いた日本被団協の田中重光代表委員に祝意を伝え、これまでの活動を労われた。12日夜、宿泊先近くでは多くの人がご一家の訪問を歓迎していた。恵の丘長崎原爆ホームでご一家は入所者と懇談された。戦後80年にあたり、両陛下は4月に硫黄島、6月に沖縄・広島で戦没者を慰霊された。愛子さまは原爆被害の実相を肌で感じ、人々が平和を望む思いを心に刻まれたという。13日午後、両陛下は長崎県美術館で「全国障がい者作品展 ～アール・ブリュット展～」をご覧になり、原塚祥吾さんが20年に渡って描き続けた作品などに感嘆された。
滞在3日目、両陛下は「ながさきピース文化祭2025」の開会式に出席され、様々なパフォーマンスに拍手をおくられた。大日本農会の総裁を務める秋篠宮さまは9月2日、神奈川の農家2軒を視察された。異常な暑さが果樹に及ぼす影響を懸念された。