金堂は正面五間、側面五間の単相寄棟造。平安時代初期の山寺の仏堂としては国内唯一の建築。正面の床は長い張り出しを柱で支えた懸け造り。箱崎和久さんは建物自体はそこまで大きくはないが、自然と調和させる部分が美しいと語った。屋根を支える木組みの質素な造りはシンプルで、建物そのものよりは機能を重視しているという。