1992年に2度目の監督に就任した長嶋茂雄さん、その年のドラフト会議（1992年）では甲子園で活躍した星稜高校の松井秀喜さんどドラフト1位で指名・4球団競合の末、長嶋さん自ら交渉権を引当松井さんを獲得した。1994年、シーズン最終戦での優勝決定戦では自ら育てた松井秀喜さんがホームランを放ち優勝を掴み取った。日本シリーズを制し監督として初の日本一となった長嶋さん。銀座での優勝パレードは大観衆に祝福された。2000年には現役時代につけていた背番号3が宮崎キャンプでお披露目され、それまでつけていた背番号33を江藤智さんに託した。2000年勝てばリーグ優勝が決まる大一番では、9回裏のチャンスで江藤智さんが同点ホームランを放つなどしそのまま逆転し優勝。さらにその年の日本シリーズではONコンビとして一時代を築いた王貞治さん率いるダイエーと対戦。監督として二度目の日本一に輝いた。15年間で巨人を2度の日本一と5度のリーグ優勝に導き巨人の監督としては歴代3位となる通算1034勝を記録。監督優待とともに巨人の終身名誉監督に就任した。2004年には脳梗塞を患うも右半身に麻痺が残る中、不屈のリハビリをうけ多くの人に勇気を与えた。そして2013年、松井秀喜さんとともに国民栄誉賞を受賞。始球式ではバッターをつとめ力強いスイングをみせた。誰よりファンを大切にしていた長嶋茂雄さん、現役中から引退後も記録にも記憶にも残る活躍で日本プロ野球の発展に大きく貢献した。